WES (Αλληλούχιση Ολόκληρου Εξωμίου)
Ορισμός
Το εξώμιο είναι το τμήμα του γονιδιώματος που κωδικοποιεί πρωτεΐνες, καλύπτει περίπου το %1-2 ολόκληρου του γονιδιώματος, αλλά εκεί βρίσκεται η μεγάλη πλειονότητα των γνωστών παραλλαγών που προκαλούν ασθένεια. Το WES διαβάζει ολόκληρη αυτή την περιοχή.
Τεχνικά χαρακτηριστικά της Genetiks:
| Εξέταση | Κάλυψη | Βάθος ανάλυσης |
|---|---|---|
| WES (Δείκτης) | Αναλύει τα εξόνια και τα σημεία σύνδεσης εξωνίου-ιντρονίου περίπου 22.000 γονιδιακών περιοχών | Κάλυψη 100X |
| WES + CNV | Επιπλέον του WES, αλλαγές αριθμού αντιγράφων (CNV) σε επίπεδο εξωνίου για τα γονίδια | Κάλυψη 200X |
| WES Trio | Περιλαμβάνει ανάλυση Μητέρας-Πατέρα και του πάσχοντος ατόμου | , |
Σκοπός
Εξετάζει αλλαγές σε επίπεδο γονιδίου άγνωστης αιτίας. Χρησιμοποιείται σε περιπτώσεις όπου δεν έχει τεθεί διάγνωση με κλασικές εξετάσεις (καρυότυπος, στοχευμένο πάνελ).
Γιατί είναι πολύτιμη η ανάλυση trio: Η ταυτόχρονη ανάλυση μητέρας, πατέρα και ασθενούς δείχνει αν μια παραλλαγή είναι νεοεμφανιζόμενη (de novo) ή κληρονομήθηκε από γονέα. Αυτή η διάκριση είναι κρίσιμη τόσο για τη διάγνωση όσο και για τον προσδιορισμό του κινδύνου υποτροπής σε επόμενη κύηση.
Αποτελέσματα
Το αποτέλεσμα μπορεί να είναι θετικό / αρνητικό / VUS. Το ποσοστό VUS στο WES είναι σημαντικά υψηλότερο σε σχέση με τις στοχευμένες εξετάσεις, επειδή διαβάζονται ταυτόχρονα χιλιάδες γονίδια.
Διαγνωστική απόδοση, δεδομένα διεπιστημονικής συναίνεσης και μετα-ανάλυσης:
| Κατάσταση | Διαγνωστική απόδοση WES |
|---|---|
| Γενικά | %36 |
| Απομονωμένη νευροαναπτυξιακή διαταραχή | %31 |
| Νευροαναπτυξιακή διαταραχή + συνοδές καταστάσεις | %53 |
| (Σύγκριση: μικροσυστοιχία) | %15–20 |
Η ανασκόπησή μας δείχνει ότι η αλληλούχιση εξωμίου έχει σταθερά καλύτερη επίδοση από τη μικροσυστοιχία στην αξιολόγηση ανεξήγητων νευροαναπτυξιακών διαταραχών. Η συναίνεση προτείνει την τοποθέτηση του WES στην αρχή του διαγνωστικού αλγορίθμου για ανεξήγητες νευροαναπτυξιακές διαταραχές.
Κίνδυνοι και Περιορισμοί
1. Εξώμιο ≠ γονιδίωμα. Παραλλαγές στις μη κωδικές (ιντρονικές) περιοχές και στις ρυθμιστικές περιοχές του γονιδίου χάνονται. 2. Περιοχές επαναλήψεων και ορισμένες δομικές αλλαγές δεν μπορούν να διαβαστούν αξιόπιστα με NGS. 3. Το φορτίο VUS είναι μεγάλο, βλ. τον όρο VUS. 4. Δευτερογενή ευρήματα (secondary findings): Μπορεί να προκύψουν παραλλαγές χωρίς σχέση με την αναζητούμενη ασθένεια, αλλά με κλινική σημασία (π.χ. γονίδιο προδιάθεσης σε καρκίνο). Πριν από την εξέταση, πρέπει να συζητηθεί με τον ασθενή αν θα αναφερθούν αυτά τα ευρήματα.