WES (полноэкзомное секвенирование)
Определение
Экзом, это кодирующая белки часть генома, занимающая около 1-2% всего генома, но именно здесь находится подавляющее большинство известных вариантов, вызывающих заболевания. WES считывает эту область целиком.
Технические характеристики Genetiks:
| Тест | Охват | Глубина анализа |
|---|---|---|
| WES (индексный) | анализирует экзоны и участки соединения экзон-интрон, относящиеся примерно к 22 000 генных областей | покрытие 100X |
| WES + CNV | в дополнение к WES, изменения числа копий (CNV) на уровне экзонов генов | покрытие 200X |
| WES Трио | включает анализ матери, отца и пациента | , |
Цель
Исследует изменения на уровне генов неизвестной причины. Используется в случаях, когда диагноз не удалось установить классическими тестами (кариотип, таргетная панель).
Почему ценен анализ трио: совместный анализ матери, отца и пациента показывает, возник ли вариант заново (de novo) или унаследован от родителя. Это различие критически важно как для диагноза, так и для определения риска повторения при следующей беременности.
Результаты
Результат может быть положительным / отрицательным / VUS. Доля VUS при WES заметно выше, чем при таргетных тестах, поскольку одновременно считываются тысячи генов.
Диагностическая результативность, данные мультидисциплинарного консенсуса и метаанализов:
| Ситуация | Диагностическая результативность WES |
|---|---|
| В целом | 36% |
| Изолированное нейроонтогенетическое нарушение | 31% |
| Нейроонтогенетическое нарушение + сопутствующие состояния | 53% |
| (Для сравнения: микроматричный анализ) | 15–20% |
Наш обзор показал, что при обследовании необъяснимых нейроонтогенетических нарушений экзомное секвенирование стабильно демонстрирует лучшие результаты, чем микроматричный анализ. Консенсус рекомендует ставить WES в начало диагностического алгоритма при необъяснимых нейроонтогенетических нарушениях.
Риски и ограничения
1. Экзом ≠ геном. Варианты в некодирующих (интронных) и регуляторных областях гена пропускаются. 2. Повторяющиеся области и некоторые структурные изменения не могут быть надежно прочитаны с помощью NGS. 3. Нагрузка VUS высока, см. термин VUS. 4. Вторичные находки (secondary findings): могут обнаружиться варианты, не связанные с искомым заболеванием, но имеющие клиническое значение (например, ген предрасположенности к раку). Вопрос о том, будут ли такие находки сообщены, должен обсуждаться с пациентом до начала теста.