WES (Tüm Ekzom Dizileme)
Tanım
Ekzom, genomun protein kodlayan bölümüdür, tüm genomun yaklaşık %1-2'sini kaplar, ancak hastalığa yol açan bilinen varyantların büyük çoğunluğu buradadır. WES, bu bölgenin tamamını okur.
Genetiks'in teknik özellikleri:
| Test | Kapsam | Analiz derinliği |
|---|---|---|
| WES (İndeks) | ~22.000 gen bölgesine ait ekzon ve ekzon-intron birleşme bölgelerini analiz eder | 100X coverage |
| WES + CNV | WES'e ek olarak genlere ait ekzon düzeyinde kopya sayısı değişimlerini (CNV) | 200X coverage |
| WES Trio | Anne-Baba ve Hasta bireyin analizini içerir | , |
Amaç
Sebebi bilinmeyen gen düzeyinde değişiklikleri inceler. Klasik testlerle (karyotip, hedefli panel) tanı konamamış olgularda kullanılır.
Trio analizi neden değerli: Anne, baba ve hastanın birlikte analizi, bir varyantın yeni ortaya çıkmış (de novo) mı yoksa ebeveynden kalıtılmış mı olduğunu gösterir. Bu ayrım hem tanıyı hem de sonraki gebelik için tekrarlama riskini belirlemede kritiktir.
Sonuçlar
Pozitif / negatif / VUS çıkabilir. WES'te VUS oranı, hedefli testlere göre belirgin biçimde yüksektir, çünkü aynı anda binlerce gen okunur.
Tanı verimi, çok disiplinli konsensüs ve meta-analiz verileri:
| Durum | WES tanı verimi |
|---|---|
| Genel | %36 |
| İzole nörogelişimsel bozukluk | %31 |
| Nörogelişimsel bozukluk + eşlik eden durumlar | %53 |
| (Karşılaştırma: mikroarray) | %15–20 |
İncelememiz, açıklanamayan nörogelişimsel bozuklukların değerlendirilmesinde ekzom dizilemenin mikroarrayden tutarlı biçimde daha iyi performans gösterdiğini ortaya koymaktadır. Konsensüs, açıklanamayan nörogelişimsel bozukluklarda WES'in tanı algoritmasının başına yerleştirilmesini önermektedir.
Riskler ve Sınırlamalar
1. Ekzom ≠ genom. Genin kodlamayan (intronik) bölgelerindeki ve düzenleyici bölgelerdeki varyantlar kaçırılır. 2. Tekrar bölgeleri ve bazı yapısal değişiklikler NGS ile güvenilir okunamaz. 3. VUS yükü fazladır, bkz. VUS terimi. 4. İkincil bulgular (secondary findings): Aranan hastalıkla ilgisi olmayan, ancak klinik önemi olan varyantlar ortaya çıkabilir (ör. kanser yatkınlık geni). Test öncesi bu bulguların bildirilip bildirilmeyeceği hastayla konuşulmalıdır.