Kromozomal Mikroarray (CMA / aCGH)
Tanım
Genom boyunca kopya sayısı değişimlerini (CNV), yani mikroskop altında görülemeyecek kadar küçük delesyon ve duplikasyonları, saptayan yüksek çözünürlüklü testtir. "Moleküler karyotipleme" de denir.
Karyotiple karşılaştırma, Uluslararası Konsensüs (ISCA) verileri:
| Mikroarray (CMA) | G-bantlı Karyotip | |
|---|---|---|
| Tanı verimi | %15–20 | ~%3 (Down sendromu ve tanınabilir sendromlar hariç) |
| Güçlü yanı | Mikroskobik olmayan (submikroskopik) delesyon/duplikasyonlara yüksek duyarlılık | Bütün kromozom yapısını görür |
| Göremediği | Gerçek dengeli yeniden düzenlenmeler ve düşük düzeyli mozaisizm | Küçük (submikroskopik) değişiklikler |
Konsensüsün sonucu:
Mevcut kanıtlar, açıklanamayan gelişimsel gerilik/zihinsel yetersizlik, otizm spektrum bozukluğu veya çoklu doğumsal anomalisi olan hastalarda birinci basamak sitogenetik tanı testi olarak G-bantlı karyotip yerine CMA kullanılmasını güçlü biçimde desteklemektedir.
Karyotip ne zaman tercih edilir:
- Belirgin kromozom sendromu düşünülüyorsa (ör. Down sendromu)
- Ailede kromozom yeniden düzenlenmesi öyküsü varsa
- Tekrarlayan düşük öyküsü varsa
Bu son madde önemli: mikroarray dengeli translokasyonları göremez, ancak tekrarlayan düşüklerin başlıca genetik nedeni tam da dengeli translokasyon taşıyıcılığıdır (bkz. Kromozom Değişiklikleri terimi). Bu nedenle tekrarlayan düşükte karyotip istenir.
FISH ile ilişkisi: FISH hedefli bir testtir, önceden belirlenen tek bir bölgeye (ör. 22q11 DiGeorge, 15q11 Prader-Willi) bakar ve sonucu hızlı verir. Mikroarray ise genom geneli tarar, hedef gerektirmez. Klinik şüphe belirli bir sendroma yönelikse FISH, belirsizse mikroarray uygundur.
Riskler ve Sınırlamalar
CMA'nın göremediği dengeli yeniden düzenlenmeler ve düşük düzeyli mozaisizm, bu hasta grubunda anormal fenotipin görece seyrek nedenleridir (<%1), yani sınırlama gerçektir ama pratikte küçük bir boşluk bırakır.
CMA çok sayıda VUS üretebilir; kopya sayısı değişimlerinin bir bölümünün klinik anlamı belirsizdir.