Спинальная мышечная атрофия (SMA), ген SMN1
Определение
Аутосомно-рецессивное нервно-мышечное заболевание, протекающее с поражением двигательных нейронов спинного мозга из-за утраты гена SMN1.
Почему смотрят не секвенированием, а анализом числа копий:
SMN1 и SMN2 имеют более 99% нуклеотидной идентичности, между ними всего 8 нуклеотидов различия. Поэтому стандартное секвенирование ДНК не может надежно различить эти два гена. Для определения дозы SMN1 требуется таргетный анализ делеции/дупликации гена.
Это объясняет, почему в панели на носительство SMA анализируется отдельно (см. термин Панель на носительство).
Частота носительства (по популяциям):
| Популяция | Частота |
|---|---|
| Европеоидная | 1/45 |
| Азиатская | 1/48 |
| Латиноамериканская | 1/77 |
| Негроидная (Африка южнее Сахары) | 1/100 |
Роль числа копий SMN2: ген SMN2 вырабатывает небольшое количество функционального белка и может частично компенсировать утрату SMN1. Поэтому число копий SMN2 используется для прогнозирования тяжести заболевания:
| Число копий SMN2 | Прогноз |
|---|---|
| 2 копии | с вероятностью ~80% SMA I типа (самая тяжелая форма) |
| 4 и более | с вероятностью ~88% более легкое течение, способность ходить |
Риски и ограничения
Анализ числа копий не может выявить точечные мутации внутри SMN1, у небольшой доли носителей (примерно 5%) тест может дать отрицательный результат (остаточный риск / residual risk).